无论是哪种类型的消化器，启动方法基本可分为两种。

1、连续膨胀法。连续膨胀法即消化器检验并清空后，在接种物不足的情况下，将收到的接种物和首批原料按一定比例（2：1，视接种物活性和原料浓度而定）投入消化器，停止进料若干天，在静止条件下，对消化器内的接种物进行富集扩大培养，使厌氧消化微生物得到驯化和生长，或者附着于填料表面，至料液中生成的挥发酸大部分被去除时，即产气高峰过后，料液的pH值在7.0以上，所有沼气中甲烷含量在55%以上时，首批富集扩大培养即告完成。而后即可投入第一批、第二批、第三批……原料连续进行富集扩大培养，即消化器内的料液连续膨胀，直至消化器被充满，以后即可进行半连续或连续投料启动运行。

2、浓度递增法。浓度递增法即消化器检验后，保留清水于消化器内，即可边投入接种物，边投入原料进行启动，使消化器内的料液浓度不断增长。这样既可以使检验时的清水得到利用，又可减轻因启动时料液浓度过高而产生的酸化现象。因为在大中型沼气启动时，每天采集到的接种物数量有限，将池水升温后即可将接种物与原料按比例投入沼气发酵装置。例如，在进行鸡粪中温沼气工程启动时，第一批按接种物与原料的比例为2：1投入，3～5天后第二批投料按1：1投入，再经3～5天第三批投料按1：2投入。待接种物投入后即开始进行半连续投料启动运行，总之，无论采用哪种方式启动，都应注意酸化与甲烷化的平衡，防止发酵液的pH值降至6.5以下。必要时可加入一些石灰水，使发酵液的pH保持6.8以上。

当接种物投加完毕后，即进行半连续或连续投料启动运行，开始时通常按0.5～2千COD/（立方米·天）负荷进行投料。当可降解的COD去除率达80%，或出水中的总挥发酸低于300毫克/升时，则可进一步提高负荷。每次负荷的增长量控制在0.5～1.5千克COD/（立方米·天）之间，也可以控制在原负荷的50%，这应根据具体情况确定，直至各项指标稳定达到设计要求，启动即告完。