酸中毒：池内的发酵料液严重偏酸，观看出料间液气泡呈灰白色，虽产气，但曱烷含量少，所产气体不能使用。处理方法：从池内取1/2或l/3的老料，加入相等量的新料，并投入适量的草木灰、石灰水，充分搅拌均匀即可。常施用的青草原料处理不当，作为发酵原料的沼气池会出现酸中毒。

碱中毒：是池内的发酵料液严重偏碱，其料液呈淡兰色，不能正常产气。处理办法：从池内取出一部分老料，加入一部分带酸性的料，如堆沤好的青料、牛粪，使pH值达到7.5。碱中毒的另外原因是农户使用过量石灰灭菌消毒，使粪便带碱入池引起的。

药、植物中毒：(1)喷杀、灭虫化学药品的卫生间、圈舍位置不当或把清洗使用过化学药品的器具的水倒入池内。(2)把对发酵有抑制植物(核桃叶、臭椿叶、泡桐叶、梧桐叶、辣蓼子、烟梗等)可能会引起沼气池中毒，停止产气。处理方法：从池内取出1/2的老料敝放3～5天，加入等量堆沤好的无害新料，并向池内放入清水，加入一些菌种，使其达到适宜的酸碱度。