内置式秸秆生物反应堆是指把反应堆置于土壤中，在生物菌种的作用下，通过好氧发酵，为农作物提供各种营养物质和热量等。其技术要点，一是科学处理菌种，二是标准化建造和应用。

　　为了接种均匀，菌种在使用前必须进行预处理，方法是：按1千克菌种掺20千克麦麸、18千克水的比例，先把菌种和麦麸干着拌匀，再加水拌匀，堆积4～5小时就可使用。如当天用不完，应堆放于室内或阴凉处，降温防热，第二天继续使用。一般存放时间不宜超过3天。

　　内置式反应堆操作时要切实做到“三足、一露、三不宜”。“三足”：秸秆用量足，菌种用量足，第一次浇水足。“一露”：内置沟两端秸秆要露出茬头。“三不宜”：开沟不宜过深，覆土不宜过厚，打孔不宜过晚。菌种用量按每吨秸秆用1千克菌种的标准测算。不同内置式反应堆每亩菌种用量为：行下内置式和行间内置式6～8千克，穴中内置式和追加内置式4～5千克。