水分含量过高，形成厌氧环境，好氧菌繁殖受到抑制，容易产生堆腐臭和养分损失。水分含量过低也会抑制微生物活性，使分解过程减慢。最适宜的水分含量在60％左右，用手使劲攥湿润过的秸秆，有湿润感但没有水滴出，基本可以确定为水分含量适宜。

    空气条件同样影响微生物活性。氧气不足，影响微生物对秸秆的氧化分解过程。良好的好氧环境能够维持微生物的呼吸，加快秸秆的堆沤腐熟过程。但如果沤堆的疏松通气性过大，容易引起水分蒸发，形成过度干燥条件，也会抑制微生物的活性。较为适宜的秸秆沤堆容积比为固体40％、气体30％、水分30％。最佳容重判定值应保持在500～700千克/立方米的范围。秸秆的粗细程度与空气条件有直接关系。铡切较短的秸秆，微生物繁殖速度和秸秆腐熟进度较快，秸秆熟化的均匀度较高。但秸秆铡切过短，会减少物料间的空隙，沤堆中通透性恶化，导致好氧微生物活性和数量降低，分解速度慢，产生堆腐臭。一般秸秆铡切长短以不小于5厘米较为适宜。